สถาบันฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้าน สาขาศัลยศาสตร์ โรงพยาบาลหาดใหญ่ ได้เริ่มดำเนินการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาศัลยศาสตร์ ตั้งแต่ปี พ.ศ.๒๕๕๐  และมีการฝึกอบรมต่อเนื่องเรื่อยมาจนถึงปัจจุบันมีการปรับเปลี่ยนหลักสูตรอย่างต่อเนื่องตามระเบียบและข้อกำหนดหลักสูตรราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทยและได้ผ่านเกณฑ์การตรวจประเมินหลักสูตรโดยราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทยทุก ๕ ปีทั้งนี้ พ.ศ.๒๕๕๕    คณะอนุกรรมการฝึกอบรมและสอบฯสาขาศัลยศาสตร์ราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทยได้มีการทบทวนและปรับปรุงหลักสูตรโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้แพทย์ประจำบ้านสาขาศัลยศาสตร์ ได้มีการเรียนรู้อย่างทันสมัยทั้ง ในด้านทฤษฏีและปฏิบัติ มีจริยธรรมและความสามารถได้มาตรฐานเป็นที่ยอมรับ ทั้งในและนอกประเทศ ตอบสนองต่อความต้องการและความคาดหวังของสังคมไทยทุกส่วนอย่างทั่วถึงและเท่าเทียมกัน สถาบันฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้าน สาขาศัลยศาสตร์ โรงพยาบาลหาดใหญ่ จึงได้ดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรเพื่อให้เป็นไปตามข้อกำหนดของราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทยในปี พ.ศ. ๒๕๕๘ ราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทยได้ทำการตรวจประเมินคุณภาพหลักสูตร และกรอบกำลังการฝึกอบรม และมีมติอนุมัติการเพิ่มจำนวนตำแหน่งฝึกอบรมจาก ๒ ตำแหน่ง เป็น ๔ ตำแหน่งต่อปี